Gestión Empresarial

Aprende a facturar correctamente tus operaciones intracomunitarias

Publicado el 26 mayo 2025

Modificado el 16 mayo 2025

operaciones intracomunitarias
5 min
¿Cómo se contabiliza el IVA intracomunitario? Esta es una pregunta que muchos contables se repiten cuando su empresa crece y comienza a operar con otras compañías de la Unión Europea. Lo cierto es que se trata de una cuestión de gran calado, ya que estas transacciones tienen poco que ver con las que se realizan dentro del territorio nacional.
Por eso queremos abordar con detalle todo lo relacionado con las operaciones intracomunitarias en este artículo. Explicaremos qué es un operador intracomunitario, qué son las operaciones intracomunitarias, cuándo es necesario realizarlas y cómo afectan al pago del Impuesto sobre el Valor Añadido. Además, daremos algunos ejemplos de cómo debe contabilizarse para evitar problemas con la Agencia Tributaria.

Qué es una operación intracomunitaria

Debemos entender las operaciones intracomunitarias como todas aquellas en las que se produce una transacción entre empresas o autónomos (más adelante explicaremos cuáles) que se encuentran en distintos Estados miembros de la Unión Europea. En estas operaciones, siempre que se cumplan los requisitos, se aplica una exención del IVA.

Ahora bien, si no se cumplen los requisitos, la operación, incluso aunque sea con clientes o proveedores de otros países europeos, hay que incluir el IVA en las operaciones intracomunitarias, tal y como si se tratase de cualquier compraventa dentro de España. En ese caso, si es la empresa emisora la residente en España debe aplicar el impuesto que corresponde en este territorio. Sin embargo, si se trata de la empresa receptora, el IVA que estará abonando será el del país que ha emitido la factura, por lo que no será deducible en España.

En el próximo apartados profundizaremos sobre ello para aclarar cualquier duda.

Qué es un operador intracomunitario: el alta en el ROI

El Registro de Operadores Intracomunitarios permite que las empresas puedan llevar a cabo operaciones con otros países europeos sin tener que abonar el IVA. Es la Agencia Tributaria la que tiene la última palabra, y quien decide si concede el ROI o no tras hacer un requerimiento a la empresa solicitante para que explique las razones por las que quiere darse de alta. En la gran mayoría de casos, se acepta la solicitud. Y, tras todo el proceso, se entrega lo que se llama NIF-IVA o número VAT. Además, se procede a incluir a la empresa o al profesional en el Censo VIES.

Qué tipo de operaciones se consideran intracomunitarias

A continuación, vamos a hacer un repaso a todas las situaciones en las que se puede producir una operación de este tipo:

  • Entregas intracomunitarias de bienes. Si tanto el vendedor como el comprador se encuentran en Estados miembros y ambas partes cuentan con un NIF-IVA, la operación estará exenta de IVA.
  • Adquisiciones intracomunitarias de bienes. Al igual que sucedía en el caso anterior, siempre que ambas partes están dadas de alta en el ROI, no se debe gravar la operación con el IVA.
  • Prestación de servicios intracomunitarios a empresas o profesionales. Si ambos cuentan con un NIF-IVA, la operación está exenta.
  • Servicios recibidos de otros empresarios. De nuevo, si ambas partes figuran en el Censo VIES, no debe cargarse el IVA.
  • Ventas a distancia intracomunitarias de bienes. En este caso, por norma general, hay que aplicar el IVA a la operación, aunque explicaremos diferentes situaciones que pueden darse más adelante.
  • Prestación de servicios a particulares. Por norma general, sí hay que gravar el IVA de la operación, y se calculará teniendo en cuenta el tributo del país de la empresa emisora.

Qué normativa regula las operaciones intracomunitarias

La Agencia Tributaria cuenta con una amplia legislación para este tipo de transacciones. La Ley del Impuesto sobre el Valor Añadido, que data de 1992, es el referente que se tiene en cuenta y que ya ha sufrido varias modificaciones para adaptarse a estas operaciones. De hecho, así lo refleja en varios de sus artículos.

Pero también la Unión Europea cuenta con sus propias regulaciones. El IVA en las operaciones intracomunitarias queda definido en la Directiva 2006/112 CE.

La situación de las islas Canarias, Ceuta y Melilla

En la Directiva de la Unión Europea, concretamente en su artículo 6, se hace referencia a los territorios que los Estados miembros consideran que se encuentran fuera del territorio europeo. Y en España, esos territorios son los relativos a las dos provincias de las Canarias, Ceuta y Melilla. Por tanto, todas las operaciones que se lleven a cabo con compañías cuya sede se encuentre en cualquiera de estos lugares no se considerarán en ningún caso operaciones intracomunitarias y tendrán que tributar con los impuestos correspondientes al emisor.

Verificación del número de IVA en las operaciones intracomunitarias

Ya hemos explicado que para que una operación intracomunitaria esté exenta de IVA ambas partes tienen que figurar como activas en el Censo VIES. Ahora bien, ¿cómo puede una empresa asegurarse de que ese dato es cierto? En teoría, para confirmar que un NIF o CIF es apto para este tipo de operaciones, basta con ver sus primeras letras. Si estas tienen las iniciales del país de origen de la empresa o el profesional, es que consta en el censo. Aunque esto puede dar lugar a fraudes y problemas legales para el emisor de la factura. Para evitarlo, la Unión Europea ha creado una página web para el VIES en la que se puede conocer la autenticidad de los números de identificación intracomunitarios, y es de libre acceso para cualquier ciudadano o empresa. Basta con introducir el país de origen y todos los números que componen el número de identificación, y devolverá un resultado. Además, en el caso de las empresas, también ofrecerá datos adicionales como su dirección fiscal.

¿Las facturas intracomunitarias a particulares llevan IVA?

Como hemos visto, ambas partes deben estar dadas de alta en el ROI para que la operación esté exenta del impuesto. Los particulares no pueden acceder a este registro, por lo que sí, estas transacciones deben ser gravadas con el IVA del país de origen. No obstante, la norma contempla algunos casos excepcionales que permiten que se aplique el IVA del país de destino:

  • Cuando el cómputo global sea superior a los 10.000 euros y se trate del consumidor final.
  • Cuando la empresa emisora tenga un establecimiento en el país de destino.
  • Si se opta por la opción de tributar en destino a través del Modelo 036

Requisitos de una factura intracomunitaria

Para que una factura intracomunitaria cumpla con la normativa vigente, debe incluir al menos los siguientes datos:

  • Datos del emisor y receptor. Nombre o razón social, dirección y, fundamentalmente, el NIF-IVA intracomunitario.
  • Número y fecha de la factura. Secuencial y con fecha de expedición.
  • Descripción de la operación. Detalle de los bienes vendidos o servicios prestados, especificando características relevantes.
  • Base imponible y menciones fiscales.
  • Indicación de que se trata de una “operación intracomunitaria”.
  • En la mayoría de los casos, la factura se emite sin IVA, reflejando la exención del impuesto.
  • Otros datos obligatorios. Referencias a condiciones de pago, descuentos aplicables y cualquier otra información que la normativa exija.

El cumplimiento de estos requisitos es esencial para evitar sanciones de Hacienda.

El idioma de la factura

Lo más habitual es que el documento se expida en Castellano. Ahora bien, la normativa no impide en ningún caso que se emplee otra lengua para ello, algo que puede hacer más fácil la comprensión del documento por parte del cliente. Lo que sí se debe tener en cuenta es que si Hacienda solicita las facturas para hacer una inspección, pueden obligar al emisor a traducir el documento a alguno de los idiomas oficiales en España.

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Cómo contabilizar las facturas intracomunitarias

Ahora que hemos visto qué es una operación intracomunitaria, vamos a proceder a algo más complejo: su tratamiento contable. La correcta contabilización de las operaciones intracomunitarias implica un tratamiento particular tanto en el lado de la empresa que realiza el pago como en el de la que emite el documento:

Contabilización de compra en una operación comunitaria exenta de IVA

En esta transacción vamos a reflejar cómo contabilizar la compra de una mercancía valorada en 10.000 euros a otra empresa dada de alta en el Censo VIES, por lo que la operación no tiene que abonar el IVA.

Este es el asiento de la compra:

Cuenta contable Debe Haber
600. Compra de mercaderías 10.000 €
4721. Hacienda Pública. IVA soportado en adquisiciones intracomunitarias 2.100 €
400. Proveedores 1.000 €
4771. Hacienda Pública. IVA autorrepercutido en adquisiciones intracomunitarias 2.100 €

 

Contabilización de compra en una operación comunitaria con IVA 

Ahora vamos a ver la misma transacción, pero con una empresa que no está dada de alta en el Censo VIES: 

 

Cuenta contable Debe Haber
600. Compra de mercaderías 12.100 €
400. Proveedores 12.100 €

 

Contabilización de venta en una operación comunitaria exenta de IVA 

En esta transacción vamos a reflejar cómo contabilizar la venta de la misma mercancía valorada en 10.000 euros a otra empresa dada de alta en el Censo VIES, por lo que de nuevo está exenta de IVA.  

Este es el asiento de la venta:  

Cuenta contable Debe Haber
430. Clientes 10.000 €
700. Venta de mercaderías  10.000 €

 

Contabilización de venta en una operación comunitaria con IVA

Por último, vamos a ver qué sucede si la empresa a la que vendemos el producto no está dada de alta en VIES. En este caso, se debe contabilizar como cualquier otra transacción:

Cuenta contable Debe Haber
430. Clientes 10.000 €
700. Venta de mercaderías 10.000 €
477. Hacienda Pública IVA Repercutido 2.100 €

 

Declarar las facturas intracomunitarias

Solamente deben tratarse de forma diferente aquellas operaciones en las que ambas empresas están dadas de alta en el Censo VIES, como ya hemos explicado. En estos casos, hay algunas diferencias respecto al resto de transacciones.

Las facturas intracomuntiarias en el Modelo 303

En esta declaración trimestral de IVA, además del resto de operaciones, hay que incluir el Impuesto sobre el Valor Añadido intracomunitario soportado y el repercutido de forma simultánea en las casillas 10, 11, 36 y 37. En las casillas 38 y 39 hay que incluir las inversiones intracomunitarias y, por último, en la 59 se tienen que incorporar las entregas intracomunitarias.

El Modelo 349: declaración de operaciones intracomunitarias

Este formulario no es más que una declaración informativa en la que hay que incluir todas las operaciones intracomunitarias exentas de IVA que se hayan llevado a cabo en el periodo declarado, que puede ser mensual o trimestral.

El Modelo 390

Además del anterior, esta es una declaración de operaciones intracomunitarias que se debe presentar anualmente. En este formulario hay que incluir un resumen con todas las operaciones intracomunitarias exentas de IVA que se hayan realizado a lo largo de todo el año.

Además de las declaraciones informativas, es obligatorio conservar toda la documentación asociada a las transacciones durante un periodo mínimo de cuatro años. Ya que esta podría ser requerida por Hacienda en cualquier momento.

Ahora que hemos visto cómo debe facturarse el IVA intracomunitario y cuáles son sus implicaciones a nivel fiscal, es importante tener en cuenta que la tecnología juega un papel crucial a la hora de minimizar errores o de agilizar todos estos procesos. Contar con un software ERP como Cegid XRP Enterprise marcará la diferencia en la gestión de tus finanzas. Un ERP inteligente con el que agilizar la gestión financiera y contable de tu empresa. Gracias al Agente Financiero, tendrás un experto en finanzas disponible a todas horas. Pregunta tus dudas y obtendrás respuestas basadas en tus datos. Podrás pedirle ayuda con cálculos, informes, etc.

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