Gestion de la TPE/PME
Un contrôle fiscal : que faire ? Guide pour transformer l’épreuve en formalité.
Le 30 juin 2025
Modifié le 3 juillet 2025
L'efficacité des contrôles n’est plus à démontrer : en 2024, les droits et pénalités notifiés ont atteint un niveau record de 16,7 milliards d'€, soit 1 milliard de plus qu'en 2023. Dans le même temps, chez les dirigeants de TPE/PME, cette procédure continue de susciter l'inquiétude. Voici quelques éléments pour mieux comprendre la vérification de comptabilité et mieux vous y préparer.
Dès le début du contrôle fiscal : comprendre ses droits et préparer la visite
Il existe trois types de contrôles fiscaux :
- le contrôle sur pièces : effectué à distance sans vous en informer, par analyse de vos déclarations ;
- l’examen de comptabilité : contrôle à distance de votre comptabilité informatisée, avec envoi du fichier des écritures comptables (FEC) sous 15 jours ;
- la vérification de comptabilité : contrôle approfondi dans vos locaux, souvent désignée par l’expression « contrôle fiscal ». C’est cette procédure que nous détaillerons ici.
En matière de vérification de comptabilité, tout commence par la réception d’un avis de vérification envoyé en recommandé. Sous peine d’irrégularité de la procédure, ce document doit obligatoirement mentionner :
- les années vérifiées de façon précise ;
- la possibilité de vous faire assister par un conseil de votre choix ;
- les modalités d’accès à la Charte du contribuable vérifié, document de référence qui mentionne vos droits et obligations dans le cadre de cette procédure.
L’avis indique également les noms et qualités du vérificateur et de son supérieur hiérarchique, les impositions vérifiées et la date et l’heure de la première intervention.
Un délai minimum de 2 jours francs est imposé entre la réception de l’avis et la première visite.
La préparation des documents
La première étape consiste à rassembler méthodiquement certains documents comptables et fiscaux :
- le Fichier des Écritures Comptables (FEC) pour chaque exercice contrôlé, sous format dématérialisé ;
- les factures, relevés de comptes bancaires, contrats ;
- l’ensemble des journaux comptables, grands livres et balances ;
- les déclarations fiscales et leurs justificatifs (TVA, IS, taxes diverses).
Le contrôle ne peut en principe porter que sur les 3 derniers exercices comptables en date. Au-delà, il y a prescription, sauf exceptions pouvant étendre la prescription à 6 voire 10 ans.
Une bonne organisation évite le stress inutile en cas de demande du vérificateur. Vous pouvez par exemple classer vos documents par exercice et par nature, créez des dossiers facilement accessibles, que ce soit au format papier ou numérique.
Anticipez également les points sensibles qui peuvent susciter des questions, comme le détail du calcul des éventuels crédits d’impôt ou les flux internationaux.
Sachez qu’en 2023, 56% des contrôles professionnels ont été programmés à l’aide de l’intelligence artificielle et à l’analyse des données dont dispose l’administration : dans ce cas, le vérificateur a souvent une idée assez précise des points de faiblesse de votre dossier.
Choisir son accompagnement
Faut-il se faire accompagner lors d’un contrôle fiscal ? Par quel professionnel ? L’expert-comptable est généralement votre interlocuteur naturel. Il connaît parfaitement votre dossier, peut expliquer les écritures comptables et justifier les options fiscales retenues. Son rôle est essentiellement technique et pédagogique : il aide à la compréhension mutuelle entre vous et le vérificateur.
L’avocat fiscaliste intervient plutôt dans une logique de défense et de négociation. Son rôle est essentiel en cas de désaccord avec l’administration ou lorsque des questions juridiques complexes se posent.
Le mandat : sauf s’il s’agit d’un avocat, vous devrez obligatoirement mandater votre conseil par écrit (Contrôle fiscal : anticiper et se préparer, RYDGE Conseil). Ce document officialise son intervention et lui permet d’agir en votre nom. Préparez-le avant la première visite pour éviter toute perte de temps.
La première rencontre : poser les bases
Un point important, mais souvent méconnu : vous bénéficiez de la présomption de bonne foi. Cela signifie que c’est à l’administration de prouver l’existence d’une irrégularité, et non à vous de démontrer votre conformité. Attention toutefois, le refus de communication de la comptabilité a toutefois une incidence sur la charge de la preuve.
Le fichier des écritures comptables (FEC) doit être remis dès la première intervention, veillez donc à le tenir à la disposition du vérificateur.
Tout au long de la phase de vérification, il est important de maintenir le dialogue. La vérification de comptabilité repose en effet sur un débat oral et contradictoire qui se déroule sur le lieu du contrôle.
Le vérificateur a des pouvoirs étendus mais encadrés. Il peut notamment :
- examiner tous les documents comptables et pièces justificatives ;
- prendre copie des documents (avec remise d’un reçu pour les originaux) ;
- procéder à des prélèvements d’échantillons pour analyse (contrôle TVA) ;
- demander des renseignements et recourir au droit de communication.
Mais il ne peut pas intervenir en dehors des heures légales (8h-20h et jours ouvrés), emporter des documents originaux sans votre accord écrit et sans reçu ou vous mettre dans l’impossibilité d’exercer votre activité.
Attention, l’opposition au contrôle peut entraîner l’évaluation d’office de vos bases d’imposition et vous fait perdre les droits attachés à un contrôle normal, avec des pénalités élevées et des sanctions pénales possibles.
Gérer les demandes et les échanges
Quels sont les points qui seront probablement vérifiés ? On peut citer notamment :
- la TVA, qui constitue une ressource fiscale essentielle pour l’État ;
- les relations intra-groupes ;
- les provisions ;
- les charges exceptionnelles ;
- les mouvements sur les comptes courants d’associés.
Vos obligations de réponse varient selon le type de demande. Le délai est de 30 jours dans le cas d’une demande de renseignements, le silence n’entraîne pas de taxation d’office, et de 2 mois en cas de demande d’éclaircissements ou de justifications, avec prorogation possible sur demande écrite.
Anticiper un contrôle fiscal se joue au quotidien : une comptabilité tenue avec soin, est le meilleur moyen d’éviter les mauvaises surprises. Avec Cegid Quadra Entreprise Plus, vous simplifiez votre gestion quotidienne, pilotez plus précisément votre activité, et garantissez la conformité de votre entreprise.
L’aspect psychologique
Bien sûr, comme dans toute relation humaine, il existe un aspect psychologique non négligeable à la vérification de comptabilité. Il faut donc veiller à se mesurer dans les échanges avec le vérificateur.
Restez professionnel et gardez votre calme en toutes circonstances. Les vérificateurs peuvent vous poser de nombreuses questions, très approfondies, notamment lorsqu’ils soupçonnent des irrégularités. Ne tombez pas dans le piège de l’affrontement.
Bien sûr, en cas de problème, vous disposez de moyens d’actions. Vous pouvez demander un entretien avec le supérieur hiérarchique du vérificateur ou saisir l’interlocuteur départemental, dont les coordonnées figurent sur l’avis de vérification. En dernier recours, consignez par écrit les incidents et informez votre conseil s’il n’est pas présent sur place.
Après les vérifications : sécuriser la conclusion
À l’issue du contrôle, plusieurs situations sont possibles.
L’avis d’absence de rectification est la meilleure issue. Il signifie qu’aucune irrégularité n’a été constatée. Ce document vous protège : l’administration ne pourra plus effectuer une nouvelle vérification pour la même période et les mêmes impositions.
La proposition de rectification, au contraire, résulte de la constatation d’irrégularités. Le vérificateur a alors l’obligation de porter à votre connaissance :
- la nature, les motifs et le montant des rectifications ;
- les textes légaux fondant les redressements ;
- les pénalités éventuellement appliquées.
Vous disposez ensuite de 30 jours pour présenter vos observations. En cas d’application de la procédure de rectification contradictoire, vous pouvez demander dans ce délai une prorogation de 30 jours.
Les garanties du contribuable
Le système fiscal français offre de nombreuses garanties pour protéger les contribuables de bonne foi. Plusieurs recours sont disponibles, amiables ou contentieux. Nous ne les détaillerons pas ici.
Conclusion
Le contrôle fiscal n’est ni une fatalité ni une catastrophe. C’est une procédure normale qui fait partie de la vie des entreprises. Avec une bonne préparation, elle peut être vécue comme une simple formalité administrative plutôt que comme une épreuve. C’est aussi une opportunité de valider la conformité de votre gestion et de sécuriser votre situation fiscale pour l’avenir.
1Rapport d’activité DGFiP 2024
2Article L 51 du LPF