Gestion des congés : les nouvelles règles à appliquer pendant un arrêt maladie

Depuis la loi du 22 avril 2024, la gestion des congés payés a profondément changé. Les salariés acquièrent désormais des congés pendant leurs arrêts maladie, y compris lorsque ces derniers ne sont pas d’origine professionnelle. C’est une évolution importante, qui oblige les équipes RH et paie à revoir leurs compteurs, leurs process et leurs outils.

Pour les équipes RH et particulièrement les équipes paie, les enjeux sont clairs : sécuriser l’application du nouveau cadre légal, éviter les erreurs sur la paie et garantir une expérience collaborateur cohérente. Quelles sont les règles désormais en vigueur ? Quels sont les impacts concrets en entreprise et les bonnes pratiques pour gérer les congés payés en toute conformité ?

Gestion des congés et périodes d’acquisition : les règles essentielles

Nombre de jours, période de référence et travail effectif

Chaque collaborateur a droit à 2,5 jours ouvrables de congés payés par mois de travail effectif. Certaines entreprises utilisent le calcul en jours ouvrés (2,08 jours/mois), selon leurs accords ou usages internes.

La période de référence reste la même : du 1er juin N-1 au 31 mai N. C’est elle qui détermine le nombre de jours acquis et la période pendant laquelle ils peuvent être pris.

Le terme travail effectif est important. Il inclut :

• les jours réellement travaillés ;
• les congés maternité/paternité ;
• certains congés exceptionnels ;
• les périodes d’accident du travail ou maladie professionnelle.

Ce cadre fixe la base sur laquelle les HRBP doivent établir les compteurs et informer les salariés.

Ce qui ouvre réellement droit à congés

Si toutes les absences ne se valent pas, ce n’est pas une question de “type de congé”, mais bien de qualification juridique. Le Code du travail distingue les périodes assimilées à du temps de travail effectif de celles qui ne le sont pas. Cette distinction, posée à l’article L3141-5 du Code du travail, conditionne directement l’acquisition des congés payés.

Les périodes assimilées à du temps de travail effectif

Elles suivent une logique simple : même si le salarié n’est pas présent, la loi considère que son contrat “fonctionne” comme s’il travaillait. Entrent dans cette catégorie :

• les congés payés déjà pris ;
• certains congés encadrés par des textes spécifiques (maternité, paternité, adoption, événements familiaux) ;
• les périodes liées à un accident du travail ou une maladie professionnelle ;
• certaines formations obligatoires.

Ces absences continuent donc d’alimenter les compteurs.

Périodes non assimilées

À l’inverse, des absences comme le congé sans solde, le congé sabbatique, l’absence injustifiée ou toute suspension non mentionnée dans les textes ne génèrent pas de droits à congés.

Une distinction qui impacte toute la chaîne RH

Ce mécanisme d’assimilation, défini par l’article L3141-5, reste l’une des principales causes d’erreurs lors des contrôles. Il explique pourquoi deux salariés absents sur la même période peuvent se retrouver avec des droits à congés différents selon la nature juridique de leur absence.

La loi du 22 avril 2024 : les nouvelles règles d’acquisition pendant les arrêts maladie

La loi du 22 avril 2024 met fin à l’ancienne distinction entre maladie professionnelle et maladie non professionnelle pour l’acquisition des congés payés. Elle crée un cadre unique, plus protecteur, conforme à la législation européenne qui s’applique désormais à toutes les situations d’arrêt maladie.

Arrêt maladie non professionnelle : un droit désormais reconnu

La réforme introduit un principe simple : un salarié en arrêt maladie non professionnelle acquiert désormais des congés payés. La loi fixe un plafond spécifique :

• 2 jours ouvrables par mois d’arrêt,
• dans la limite de 24 jours ouvrables par année d’absence.

Ce mécanisme complète celui qui existait déjà pour les accidents du travail et les maladies professionnelles, sans s’y substituer.

AT/MP : maintien du régime antérieur

Pour les arrêts liés à un accident du travail ou une maladie professionnelle, rien ne change. Les salariés continuent d’acquérir 2,5 jours ouvrables par mois d’absence, sans limite annuelle de droits. La réforme ne modifie pas cette règle, mais clarifie la coexistence des deux régimes.

Rétroactivité et prescription : ce que les RH doivent anticiper

La loi prévoit une application rétroactive, ce qui oblige les entreprises à revoir certaines situations passées :

• Pour les salariés toujours dans l’entreprise: ils peuvent demander leurs droits pour des arrêts maladie depuis 2009. Le délai de demande est de deux ans, jusqu’au 26 avril 2026.
• Pour les salariés ayant quitté l’entreprise: ils disposent d’un délai de trois ans pour réclamer l’indemnisation de congés non pris.

Ces demandes peuvent donc concerner des arrêts anciens. Il est essentiel d’anticiper les impacts sur les compteurs et la paie.

Le report de 15 mois : une règle de gestion obligatoire

Lorsqu’un salarié ne peut pas prendre ses congés du fait d’un arrêt maladie, la loi impose désormais un report minimal de 15 mois. Ce délai ne commence à courir qu’à partir :

• de la reprise du travail,ou
• de la fin de la période d’acquisition, si l’arrêt couvre toute l’année de référence.

Cette règle a un impact direct sur la planification des congés et la gestion des soldes à long terme.

L’obligation d’information de l’employeur

La réforme introduit une obligation nouvelle : dans le mois qui suit la reprise, l’employeur doit indiquer au salarié :

• le nombre de jours de congés acquis,
• et la date limite de prise liée au report de 15 mois.

Cette information peut être transmise par tout moyen : bulletin de paie, courriel ou document remis en main propre. Il faut toutefois pouvoir prouver que le salarié a bien été informé. À défaut d’information, le délai de 15 mois ne démarre pas, ce qui expose l’entreprise à des risques de contentieux.

Comment mettre à jour les compteurs de congés payés ?

L’entrée en vigueur de la loi du 22 avril 2024 impose une révision concrète des modes de calcul, du paramétrage des outils RH et du traitement des arrêts. Pour les HRBP et les équipes paie, la question n’est plus de comprendre le texte, mais de savoir comment appliquer correctement les nouvelles règles.

Comment recalculer les jours acquis pendant un arrêt maladie ?

Deux logiques distinctes sont à prendre en compte selon l’origine de l’arrêt :

• maladie non professionnelle : 2 jours ouvrables par mois, plafonnés à 24 jours par an ;
• maladie professionnelle ou accident du travail : 2,5 jours par mois, sans plafond.

Pour mettre à jour les compteurs, il faut suivre une logique simple :

1. identifier précisément la durée de l’arrêt,
2. appliquer le taux d’acquisition correspondant,
3. ajouter les droits au compteur de l’année en cours,
4. vérifier les éventuels reports ouverts par l’arrêt.

Cette étape doit être menée systématiquement, y compris pour les arrêts antérieurs soumis à rétroactivité.

Les impacts sur la paie : maintien de salaire et indemnité compensatrice

Les nouveaux droits générés pendant l’arrêt influencent :

• le montant de l’indemnité compensatrice en cas de départ,
• le calcul du solde de tout compte,
• les droits reportés,
• le maintien de salaire lors de la prise des congés.

Une mauvaise mise à jour du compteur peut entraîner un rappel de salaire ou un trop-perçu difficile à corriger.

Retour d’arrêt : comment organiser les congés et sécuriser la planification ?

L’accumulation de droits pendant l’arrêt peut créer un “effet entonnoir”. À la reprise, plusieurs situations se présentent :

• un nombre important de jours à poser ;
• un délai restreint si les droits relèvent du report de 15 mois ;
• une réorganisation d’équipe nécessaire pour éviter les ruptures d’activité.

Pour sécuriser la planification, les HRBP peuvent :

• ajuster l’ordre des départs avec les managers,
• anticiper les périodes contraintes,
• fluidifier la communication sur les délais de prise,
• intégrer ces priorités dans l’outil de gestion des absences.

S’assurer de la fiabilité des compteurs dans la durée

L’actualisation des compteurs implique aussi de pouvoir tracer les arrêts, conserver l’historique des ajustements et appliquer les règles au bon moment. Dans les faits, il est préférable de se tourner vers une solution digitalisée, accessible à tout moment avec des compteurs actualisés et des paramétrages parfaitement conformes à la loi.

Découvrir Cegid HR : la solution pour fiabiliser la gestion des congés et des absences.

Un décompte précis des droits au service de la relation salarié-manager

La mise à jour des compteurs n’a pas seulement un impact sur la paie. Elle conditionne aussi la qualité des échanges entre le salarié, son manager et les RH au moment du retour d’arrêt. Ainsi, un solde cohérent, une date de report bien communiquée et des règles comprises évitent les incompréhensions et facilitent la reprise.

À l’inverse, un compteur erroné ou des informations contradictoires peuvent être source de véritables tensions avec :

• des demandes de précisions répétées,
• des corrections sur bulletin
• ou encore des délais de validation plus longs.

Pour les équipes RH, l’enjeu est donc autant technique que relationnel.

Un suivi clair et actualisé des droits permet :

• au salarié de savoir ce qu’il peut poser,
• au manager d’anticiper ses besoins d’organisation,
• et à l’entreprise d’assurer une gestion homogène des absences.

La gestion correcte des congés payés se révèle donc un élément structurant de l’expérience collaborateur.

A retenir

L’impact des arrêts maladie sur les congés dépasse aujourd’hui la seule dimension juridique. Il révèle la capacité des organisations à adapter rapidement leurs pratiques, à fiabiliser les compteurs et à assurer une information claire aux salariés. Ces évolutions mettent souvent en évidence un besoin structurel : disposer de processus et d’outils capables de suivre les droits en continu et de soutenir les managers dans leurs arbitrages.

Dans ce contexte, la gestion des congés n’est plus seulement une opération technique. C’est un levier de transparence, de cohérence et de confiance, au cœur de la relation entre le salarié, son manager et la fonction RH.

Pour approfondir l’impact de ces évolutions sur la relation au travail et les attentes des collaborateurs, vous pouvez consulter notre guide dédié aux nouvelles attentes des salariés.